1887-ci ilin iyununda Kazanda anadan olmuşdur. İlk təhsilini mollaxanada almışdır. 1909-cu ildə Kazan Universitetinin Hüquq fakültəsinə qəbul olmuş, 1916-cı ildə Kazan universitetinin Tarix şöbəsini bitirmişdir. 1917-1919-cu illərdə məktəblərdə, 1919-1925-ci illərdə Kazan universitetində pedaqoji fəaliyyətlə məşğul olmuş, tatar xalqının tarıxı, tatar ədəbiyyatının tarixi, qədim dünya tarixi, Rusiya tarixi, din dərsləri üçün dərsliklər yazmışdır.
1925-ci ildə tatar dilində yazdığı “Tatar tarixi” bu gün də bu sahədə yeganə tam elmi əsər olduğu üçün öz elmi əhəmiyyətini qoruyur. 1925-ci ildə Bakıya köçür və 1926-cı ildə ADU-nun Türk xalqları tarixi kafedrasının privat-dosenti, eyni zamanda, Şərq Pedaqoji Institutunun tarix-ictimaiyyət şöbəsinin dekanı seçilmişdir. 1927-ci ildə professor elmi adı alır və ADU-nun Şərq fakültəsinin dekanı təyin edilmişdir.
1925-1937-ci illərdə Azərbaycan Mərkəzi Dövlət Arxivinin elmi-arxiv işçisi vəzifəsində çalışmışdır. Arxiv sənədlərinin tarixi mənbə kimi elmi dövriyyəyə daxil edilməsi və nəşri onun adı ilə bağlıdır. 1926-cı ildə I Türkoloji qurultayın təşkilatçılarından biri olmuş və qurultayda məruzə ilə çıxış etmişdir. O, 1931-ci ildə Bakı, Moskva və Mərkəzi Asiya universitetlərində mühazirələr oxumuşdur.
Ə.Qubaydullin SSRİ Xalqları Tədqiqat İnstitutunun, Marksistlər Tarixi Cəmiyyətinin, Azərbaycan Dövlət Elmi-Tədqiqat İnstitutunun, Tarix və Arxeologiya Cəmiyyətinə, Tatarşünaslıq Cəmiyyəti və b. təşkilatların üzvü seçilmişdir. 1933-1935-ci illərdə Pyatiqors, Kabardin-Balkar və Kazanda elmi-pedaqoji fəaliyyətlə məşğul olmuş, 1936-cı ildə yenidən Bakıya qayıtmışdır. 1936-1937-ci illərdə ADU-nun SSRİ xalqları tarixi kafedrasının müdiri olmuşdur. Tatar, özbək, rus, Azərbaycan dillərində nəşr olunmuş 150-dən artıq elmi əsərin müəllifi olmuşdur. 1937-ci ildə repressiyaya məruz qalmış, çalışdığı universitetdən və SSRİ Elmlər Akademiyası Azərbaycan Filialında işdən azad edərək həbs edilmişdir.