Родился в 1880 году в Ставрополе. В 1896 году окончил гимназию в Тифлисе. В 1900 году окончил Санкт-Петербургский археологический институт, а в 1902 году – Технический институт. В 1902 – 1916 годы работал инженером в Закавказском акцизном управлении, принимал участие в качестве военного инженера в строительстве железной дороги Карс-Эрдахан-Эрзурум. Совершая в тот период поездки в различные города Южного Кавказа, изучал исторические памятники. В 1919 году переехал в Баку, принимал здесь участие в организации Музея истории Азербайджана и до конца жизни сохранил связи с музеем. В 1920 году избирается членом Научного общества, изучающего мусульманский Восток, Бакинского государственного университета и с того времени приступает к педагогической деятельности в БГУ. Читал лекции по истории Азербайджана, нумизматике восточных стран и археологии. В 1922 – 1954 годы работал в должности заведующего кафедрой археологии и нумизматики, с 1941 года – доцента, а с 1946 года – профессора данной кафедры. В 1955 году был удостоен звания Заслуженного деятеля науки. В 1962 году избран членом-корреспондентом АНА. В 1933 – 1965 годы являлся научным сотрудником Института истории, археологии и этнографии АНА Заложил основу нумизматической науки в Азербайджане. Руководил множеством археологических экспедиций. Автор более 100 научных работ, посвященных найденным кладам и кавказской нумизматике. Направления ряда его исследований явились впервые изучаемыми в науке темами. После кончины Е.Пахомова коллекция, согласно завещанию, была поделена на 4 части – между Музеем истории Азербайджана, Государственным музеем Грузии, Государственным Эрмитажем и находящимся в Москве Государственным историческим музеем. В настоящее время нумизматический фонд, собранный им в течение 65 лет, хранится в музейных фондах Баку, Тбилиси, Иревана, Москвы и Санкт-Петербурга. В 1945 году был награжден орденом Почета, в 1960 и 1965 годах – Почетными грамотами Верховного совета Азербайджанской ССР.